El proyecto se enmarca en las obras destinadas por los festejos del Bicentenario y se desarrolla en un área de gran importancia histórica-arqueológica, ubicado entre la Casa de Gobierno y la Plaza de Mayo. Allí trabajan 15 arqueólogos, a quienes la Jefa de Estado les encargó "mantener las condiciones originales" del lugar.
Durante los trabajos se lograron recuperar elementos históricos originados durante la fundación de la ciudad de Buenos Aires, y que serán exhibidos una vez inaugurado el museo.
El proyecto de la Aduana Nueva fue diseñada en 1855 por el arquitecto inglés Eduardo Taylor lindando con las paredes posteriores del Fuerte de Buenos Aires, con vista al río de la Plata y hoy semisepultada por bajo la actual plaza Colón.-